從責(zé)任的角度，承包經(jīng)營只追求利潤最大化，而阿米巴經(jīng)營在以培養(yǎng)人才為核心目的的同時(shí)，實(shí)現(xiàn)利潤最大化。

從權(quán)力的角度，承包經(jīng)營往往握有較大權(quán)力，當(dāng)然，這種權(quán)力是他們與企業(yè)所有權(quán)的代理人博弈出來的，但較大的權(quán)力往往導(dǎo)致權(quán)力濫用，在企業(yè)里形成自私自利的文化氛圍。而阿米巴經(jīng)營強(qiáng)調(diào)系統(tǒng)授權(quán)，根據(jù)阿米巴的不同級別，分別采取機(jī)能量化分權(quán)、事業(yè)量化分權(quán)、聯(lián)邦量化分權(quán)等模式，確保授權(quán)根據(jù)責(zé)任大小有效區(qū)分， 并且根據(jù)經(jīng)營會(huì)計(jì)報(bào)表的量化數(shù)據(jù)來分權(quán)，真正讓權(quán)力和責(zé)任牢牢捆綁。同時(shí)，阿米巴經(jīng)營還通過事前計(jì)劃、事中監(jiān)督、事后評價(jià)的一整套流程系統(tǒng)控制風(fēng)險(xiǎn)，并對經(jīng)營者的品行和能力進(jìn)行監(jiān)控和評價(jià)。

從利益的角度，承包經(jīng)營為了刺激承包人的積極性，往往對承包人利益最大化予以承諾，期望通過承包人經(jīng)營積極性的調(diào)動(dòng)來調(diào)動(dòng)員工的積極性，但實(shí)踐表明，承包人在短期利益的驅(qū)使下，往往對員工的利益置若罔聞。而阿米巴經(jīng)營的理念是全體員工的物質(zhì)和精神幸福，在利益分配方面，一定是全體員工的共享機(jī)制。 

從長短期利益平衡的角度，承包經(jīng)營往往關(guān)注短期利益，急功近利，如短至一年、多至三年的承包期限機(jī)制給了承包人追求短期利益的動(dòng)力。而阿米巴經(jīng)營在關(guān)注短期利益的同時(shí)，更加關(guān)注長期利益。推動(dòng)阿米巴經(jīng)營的企業(yè)中樞部門是經(jīng)營管理部，經(jīng)營管理部所代表的利益是企業(yè)，所站的高度和老板的一致，它在企業(yè)的戰(zhàn)略發(fā)展規(guī)劃下制訂企業(yè)的年度經(jīng)營計(jì)劃，并指導(dǎo)各部門按照企業(yè)年度經(jīng)營計(jì)劃分解各部門計(jì)劃，據(jù)此開展經(jīng)營，當(dāng)發(fā)生短期利益影響和破壞長期利益的現(xiàn)象出現(xiàn)時(shí)，則堅(jiān)決叫停。

從大局觀的角度，部門承包者關(guān)注部門利益而不關(guān)注企業(yè)利益，在局部利益最大化的氛圍下，企業(yè)難免出現(xiàn)“諸侯”，關(guān)鍵時(shí)刻和企業(yè)叫板。而阿米巴經(jīng)營時(shí)刻關(guān)注企業(yè)全局利益，在經(jīng)營管理部企業(yè)年度經(jīng)營計(jì)劃的指引下展開部門經(jīng)營，在局部利益和全局利益發(fā)生沖突和矛盾的時(shí)候，局部利益必須讓路。

從資源利用的角度，承包者由于優(yōu)先保證局部利益和短期利益的實(shí)現(xiàn)，往往不顧一切地透支資源，而且各部門之間無法達(dá)成協(xié)同，造成企業(yè)資源的浪費(fèi)。而阿米巴經(jīng)營關(guān)注全局利益和長期利益， 最大化地協(xié)同各單元的行動(dòng)，為企業(yè)整體的利潤最大化而努力，并最大化地合理利用資源。