一般來講，組織劃分得越細(xì)，則阿米巴經(jīng)營模式的推動(dòng)越深入；但是，也不能說組織的劃分就是越細(xì)越好，比如原來銷售按照大區(qū)來分阿米巴單元；生產(chǎn)按照車間來劃分阿米巴單元；再往下深入一層，做到銷售按照小組；生產(chǎn)按照工序（班組），則阿米巴組織呈幾何級(jí)數(shù)增加，大大增加了核算的工作量，而且，在阿米巴理念尚未深入人心的時(shí)候，員工因?yàn)楹怂愎ぷ髁康募哟蠖孤曒d道，增加阿米巴推動(dòng)的阻力。

此外，阿米巴單元的獨(dú)立核算，最大的好處是原來看不清晰的東西通過獨(dú)立核算看清楚了，其實(shí)就是責(zé)任的歸位；但是不是責(zé)任越清晰越好呢？責(zé)、權(quán)、利的統(tǒng)一是配套的，責(zé)任清晰了，但權(quán)力、利益沒有配套，反而會(huì)造成各部門扯皮的增多。阿米巴經(jīng)營會(huì)計(jì)報(bào)表核算清晰了各阿米巴單元的利潤，制訂年度和月度經(jīng)營計(jì)劃的時(shí)候會(huì)確立這個(gè)利潤目標(biāo)，這體現(xiàn)了各阿米巴單元的責(zé)任；通過績效考核，明確了各阿米巴單元的利益；這時(shí)動(dòng)力機(jī)制解決了，但是，如果不給各阿米巴單元放權(quán)，審核、審批的流程仍然冗長，屁大點(diǎn)事還是要向上級(jí)領(lǐng)導(dǎo)打申請(qǐng)、走流程，不巧的是，上級(jí)領(lǐng)導(dǎo)出差在外還不予以回復(fù)，這顯然會(huì)打擊各阿米巴單元的積極性。所以，要給各阿米巴單元授予一定的權(quán)限，以加快工作效率。

而在阿米巴運(yùn)行過程中真正把它們?nèi)吲涮缀茫瑮l件好（管理基礎(chǔ)扎實(shí)、人員素質(zhì)較高）的企業(yè)至少需要半年左右的時(shí)間，條件一般的企業(yè)則需要半年到一年的時(shí)間，所以在這個(gè)過程中發(fā)現(xiàn)人心在變的時(shí)候，就是阿米巴推行出問題了，這種狀況的出現(xiàn)阿米巴很容易夭折。